百万年前，在南极洲（还没有被冰层覆盖）坐落着古人的城市 Atlantis，可能是为了避开瘟疫的威胁，整个城市飞离了银河系，到达了飞马座（Pegasus）。后来 SG-1 找到了他们留下的前哨站，O'Neill 使用古人的武器摧毁了 Anubis 的舰队（SG-1, 7.22, Lost City）。现在 Daniel 终于找到了第 8 个地址，利用前哨站的 ZPM 为星门提供能源（长途拨号消耗比较大），由 Dr.Elizabeth Weir 率领的由十多个国家的队员组成的探险队顺利抵达了 Atlantis。
不幸的是，（如神话所说）他们发现整个城市沉没在海底，靠一个力场阻挡海水的入侵。同时获悉，古人在飞马座传播了文明，也建立了星门网络，但后来在毫无防备的情况下，遭受到了一个强大且数量众多的种族（Wraith，幽灵）的攻击。大部分古人又撤回了地球（另一部分学会了升天），然后他们把这个空荡荡的城市沉没到了海底。
虽然没有足够的能源拨回地球，但是可以拨通飞马座的其他星球。于是 Sumner 上校带领 Sheppard 等人前往 Athos 星球希望能找到一个可供撤离的安全基地，在那里他们遇到了 Teyla Emmagan。Athos 人同样在遭受幽灵的威胁，幽灵把他们当成“饲养场”，每过几百年（等他们人口增加到一定程度）就会来抓走一些人。天亮之后 Sumner 上校在附近一个废弃的城市搜索，看是否能找到 ZPM，当地人从不走进这个城市，他们相信那样会引来幽灵。
果不其然，天黑后（Athos 的白天很短暂）星门突然拨通，三艘幽灵战机穿过星门，开始捕捉地面上的人（通过一种类似光传送的技术把人吸走），同时制造幻象迷惑并包围 Sumner 等人。混战中一艘战机被火箭筒打中，但是另外两艘抓走了 Sumner 和 Teyla 并逃离了星门（遥控拨号，守在星门旁的 Ford 少尉记下了 DHD 上的号码）。Sheppard 带着其余的 Athos 人逃回 Atlantis（因为擅自行动被 Weir 训了一通），然而此时 Atlantis 的力场正在崩溃。
绝望之时，Atlantis 突然启动了某种保护装置，整个城市浮出了水面。
更多分集剧情： 第1集第2集第3集第4集第5集第6集第7集第8集第9集第10集第11集第12集第13集第14集第15集第16集第17集