Clark被Zod流放到Jol-El设计的监狱“Phantom Zone”，遇到了Jol-El的助手Raya。Raya将Jol-El留给自己刻有S标志的水晶石交给Clark，并告诉Clark当初Jol-El设计监狱的时候因担心会有El家族的人被关进监狱，专门遗留了后门，只有El家族的人才可以打开。在Raya的帮助下，Clark通过后门离开了监狱，但也将监狱里的几个罪犯带到了地球。Martha从坠毁的飞机里醒来，发现自己和Lois来到了北极Jol-El的堡垒。在堡垒里，Jol-El告诉Martha，因为Clark没有杀死Zod的肉体Lex，导致Zod将病毒释放到地球。Martha答应Jol-El代替Clark杀死Lex，而Jol-El承认自己对Clark的教育是失败的。
在大都会，Lionel Luthor从暴民手里救走了Chloe，把Chloe留在星期日报后Lionel试图到Kent农场取回Clark飞船里的钥匙，试图用钥匙制服Zod，恰好遇到从北极返回的Martha。Chloe躲在办公桌下试图通过自己收集的资料寻找Zod的弱点，遇到了自己中学时代实习时的“小朋友”Jimmy Olsen。
与此同时，Zod将Lana带到Lex的城堡，试图利用Lex的电脑控制五角大楼的卫星，将地球改造成自己的Krypton。Lana意识到Zod控制了Lex的身体，试图阻止Zod，不料Zod残忍地用利剑刺透手掌钉在了墙上。Lana强忍伤痛来到Kent农场，将当是Clark和Chloe试图杀死Lex的事情告诉Martha和Lionel，并接过Martha从Jol-El堡垒带回的匕首。
在卫星的作用下，大都会和Smallville陷入地震，正当Martha和Lionel遭遇危机的时候，Clark即时赶来。Martha将Zod的行踪告诉Clark，Clark急忙向Lex的城堡赶去。Lana假装和Zod亲近，试图趁机刺杀Zod，不料被Zod识破。千钧一发之际Clark赶来和Zod发生大都。Zod试图控制Clark，而Clark运用智慧将Raya交给自己的水晶放到Zod手掌，将Zod逼离Lex的躯体。
在Smallville的医院，Clark看望苏醒过来的Lois，两人的手握在了一起。Clark来到星期日报后看到了Chloe的朋友Jimmy，内心感到失落。回到Kent农场，Clark将自己的感受告诉Martha，Martha安慰Clark只要按照自己的想法去做，就会做出正确地选择。Clark开始思考自己未来的角色。